Sujet Précédent Sujet Suivant

Probleme avec la commande source

dihia -  
 dihia -
Bonjour,
pour l'installation du logiciel freesurfer j'ai besoin d'exécuter les deux commandes :
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
hors qu'il m'affiche un message d'erreur pour la deuxieme me disant que le fichier SetUpFreeSurfer.csh n'existe pas alors que il existe dans le freesurfer.
merci de m'envoyer vos réponses .

<config>Linux Firefox 3.6.10</config>
A voir également:

26 réponses

  • 1
  • 2
Réponse 1 / 26
Xavstarblues Messages postés 10585 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   1 858
 
Salut
As tu vérifier les droits sur le fichier?
0
Réponse 2 / 26
dihia
 
salut,
merci pour votre réponse.
oui j'ai vérifié en éxécutant la commande ls -l -t voilà ce qu'il m'affiche:
-rwxr-xr-x 1 root root 1394 2011-12-30 14:48 SetUpFreeSurfer.csh
0
Xavstarblues Messages postés 10585 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   1 858
 
ok, juste pour tester peut tu faire un
chmod 777 sur le fichier et retester ta commande?
ou alors t'assurer que tu executes ta commande en root?
0
Réponse 3 / 26
zipe31 Messages postés 34620 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   6 497
 
Salut,

setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
Il ne manque pas un slash devant ? 

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
0
Réponse 4 / 26
dihia
 
@Xavstarblues: j'ai éxécuté la commande et voilà ce qu'elle me renvoi :
/root> chmod 777 SetUpFreeSurfer.csh
chmod: ne peut accéder 'SetUpFreeSurfer.csh': Permission non accordée

@zip31: je ne sais pas, j'ai copié la commande du site du freesurfer et dans touts les site elle est écrite ainsi.
0
zipe31 Messages postés 34620 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   6 497
 
j'ai copié la commande du site du freesurfer
T'as un lien ?

Ton shell c'est du csh ?
0

Vous n’avez pas trouvé la réponse que vous recherchez ?

Posez votre question
Réponse 5 / 26
dihia
 
il y a ça comme site: http://biowulf.nih.gov/apps/freesurfer.html
je n'arrive pas à accéder au site du freesurferwiki pour vous donner le lien
0
zipe31 Messages postés 34620 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   6 497
  
bash shell:
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer   
source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh

csh/tcsh shell:
setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh

Que ce soit en bash ou en csh, les 2 ont le slash (la racine du système) en début de chemin ;-((
0
Réponse 6 / 26
dihia
 
et maintenant il m'affiche cette erreur :
% source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh
/usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh: Too many open files.
0
Réponse 7 / 26
dubcek Messages postés 18808 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 651
 
hello
que répond la commande 
limit descriptors
0
Réponse 8 / 26
dihia
 
hello dubcek
la commande répond :no such limit
0
Réponse 9 / 26
dubcek Messages postés 18808 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 651
 
que répond la commande 
limit
0
Réponse 10 / 26
dihia
 
% limit
cputime unlimited
filesize unlimited
datasize unlimited
stacksize 8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse unlimited
memorylocked 64 kbytes
maxproc unlimited
openfiles 1024
0
Réponse 11 / 26
dubcek Messages postés 18808 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 651
 
essayer en root 
limit openfiles 2048
0
Réponse 12 / 26
dihia
 
quand j'exécute la commande limit en root ça donne ça:
/root> limit
cputime unlimited
filesize unlimited
datasize unlimited
stacksize 8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse unlimited
vmemoryuse unlimited
descriptors 1024
memorylocked 64 kbytes
maxproc unlimited

et quand j'execute la commande : limit openfiles 2048
le résultat: no such limit
0
Réponse 13 / 26
dubcek Messages postés 18808 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 651
 
essaye en root 
limit descriptors 2048
0
Réponse 14 / 26
dihia
 
la réponse :limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise)
0
Réponse 15 / 26
dubcek Messages postés 18808 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 651
 
en root ?
~/tmp/a# limit descriptors  
descriptors  1024 
~/tmp/a# limit descriptors 2048
~/tmp/a# limit descriptors
descriptors  2048 
~/tmp/a#
0
Réponse 16 / 26
dihia
 
:/root> descriptors 1024
descriptors: Command not found.
nassima:/root> limit descriptors
descriptors 1024
:/root> limit descriptors 2048
limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise)
0
Réponse 17 / 26
dubcek Messages postés 18808 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 651
 
quelle est la limite ? 
limit -h
0
Réponse 18 / 26
dihia
 
bonjour,

c bon la commande limit descriptors 2048 a marché, mais à l'exécution de la commande : source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh j'ai toujours la meme erreur too many open files
0
Réponse 19 / 26
dubcek Messages postés 18808 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 651
 
et en bash ? 
bash
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer   
source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh
0
Réponse 20 / 26
dihia
 
merci ça a marché, mais j'ai un autre souci si vous pouvez m'aider car je dois maintenant exécuter la commande qdec
il m'affiche cette erreur :
/usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: Erreur de format pour exec(). Binary file not executable.
0
  • 1
  • 2

Discussions similaires

Pip n'est pas reconnu en tant que commande interne
Chris3874 -
Utilisateur anonyme -

22 réponses
Redémarrer le PC via l'invité de commande
GLX20 -
brucine -

9 réponses
cmd setup non valide
Jean_6927 -
Jean_6927 -

5 réponses
Supprimer l'historique de commandes et d'achats sur Amazon
Matthew5 -
Adraen -

25 réponses
Mon dossier n’est pas reconnu en tant que commande interne ou externe
Osc4ro -
Osc4ro -

20 réponses